Đầu tháng 4/1975 Bs. Nguyễn Dũng Hiếu cùng với 3 cán bộ chuyên môn của C4 được Ban Dân Y Miền cử đi tiếp quản Viện Pasteur Đà Lạt vừa mới được giải phóng.
Trung tuần tháng 4/1975 trước tình hình chiến thắng đã cận kề, Ban Dân Y Nam Bộ đã thành lập một đơn vị mới gồm đại diện của tất cả các đơn vị thành viên để chuẩn bị tiếp quản các cơ quan Y Dược của chế độ cũ ở Sài Gòn. Phòng vi trùng học được cử 2 cán bộ là Bs. Cao Minh Tân, Ks. Nguyễn Văn Kình phối hợp với 2 cán bộ của phòng sốt rét là Ys. Phạm Hải và Trần Khánh Tiên thành tổ tiếp quản Viện Pasteur Sài Gòn do Bs. Cao Minh Tân phụ trách.

Những ngày sau đó, hầu hết cán bộ nhân viên của C4 được lần lượt điều về, bố trí vào các phòng, ban để tăng cường cho các bộ phận, trực tiếp tham gia các hoạt động của Viện.
Sau khi ổn định tình hình, dưới sự chỉ đạo của Bộ Y Tế Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đểhòa nhập vào hệ thống y tế toàn quốc, Viện đã dần dần chuyển giao một số nhiệm vụ cho cơ quan khác (nghiên cứu về muỗi truyền Sốt Rét sang Phân Viện Sốt Rét TP.HCM, chuyển các phòng xét nghiệm vệ sinh nước, thực phẩm, độc chất, môi trường về Viện Vệ sinh Y tế công cộng) v.v... Viện tập trung phòng vào nhiệm vụ phòng chống bệnh nhiễm khuẩn, các bệnh truyền nhiễm gây dịch, sản xuất một số vắc xin, sinh phẩm chẩn đoán, nằm trong mạng lưới các cơ sở vệ sinh dịch tễ, hợp tác chặt chẽ với các cơ quan chuyên trách khác hỗ trợ 15 tỉnh thành phía Nam xây dựng hệ thống y tế dự phòng. Năm 1976, Viện đổi tên thành Viện Dịch tễ học do Bs. Cao Minh Tân làm viện trưởng.

Ngay những ngày đầu Sài Gòn mới được giải phóng, Viện đã tiếp nhận và lo phân phối 3.000.000 liều vắc xin tả TAB do C4 sản xuất trong căn cứ chuyển ra để tiêm phòng cho nhân dân, chủ yếu là ở thành phố Sài Gòn và một số tỉnh lân cận. Viện tiếp tục triển khai việc sản xuất vắc xin dịch hạch tươi, vắc xin tả TAB để kịp thời phục vụ phòng chống dịch.

BS. CAO MINH TÂN
Viện trưởng viện Pasteur (giai đoạn 1975 – 1985)

Trong giai đoạn này, ngoài số nhân viên lưu dụng làm việc ở Viện Pasteur trước giải phóng (421 nhân viên, trong đó có 254 người làm về hành chính, hậu cần), Viện được tăng cường số cán bộ từ chiến khu về, nhiều cán bộ Miền Nam tập kết ra Miền Bắc nay được điều trở lại để tăng cường cho vùng mới giải phóng. Lực lượng cán bộ, nhân viên chuyên môn khá hùng hậu, được đào tạo từ nhiều nguồn: nhiều cán bộ được đào tạo ở miền Bắc Xã Hội Chủ Nghĩa (XHCN) một số cán bộ được đào tạo ở nước ngoài (khối các nước XHCN) và cả những cán bộ được đào tạo ở các nước tư bản trước giải phóng (chủ yếu là Pháp và Mỹ). Tất cả cán bộ nhân viên của Viện đã nhanh chóng hòa nhập đảm bảo cho hoạt động của Viện được liên tục không bị gián đoạn ngày nào và nhanh chóng thích nghi với điều kiện làm việc mới. Để ổn định hoạt động cho phù hợp với cơ chế và nhiệm vụ mới, Viện đã chấn chỉnh dần dần bộ máy, giảm từ 35 phòng xuống còn 18 phòng, thành lập một số đơn vị mới như phòng miễn dịch học, phòng dịch tễ để quản lý và chỉ đạo công tác phòng chống dịch, phòng huấn luyện để đào tạo, bổ túc cán bộ chuyên khoa cho Viện và 15 tỉnh thành phía Nam, giảm bớt số nhân viên khối hành chánh, hậu cần, tăng cường cán bộ chuyên môn trung và cao cấp.

Điều tra chuột và bọ chét trong giám sát 
dịch hạch tại Lâm Đồng

Viện đã bám sát thực địa, góp phần xây dựng hệ thống Trạm Vệ Sinh Phòng Dịch tỉnh (nay là Trung tâm y tế dự phòng) và chỉ đạo chuyên môn cho 15 tỉnh thành phía Nam. Giai đoạn này Viện được phép đào tạo và cấp bằng kỹ thuật viên trung cấp Vệ Sinh Dịch Tễ (VSDT). Trong 8 năm (1977 – 1985) Viện đã mở 7 khóa với trên 300 học viên, bổ túc cho trên 600 cán bộ, nhân viên của Viện và các tỉnh gởi về, đào tạo 182 bác sĩ sơ bộ chuyên khoa VSDT. Những cán bộ này là lực lượng nòng cốt để xây dựng và phát triển mạng lưới vệ sinh phòng dịch cho 15 tỉnh thành phía Nam. Nhiều cán bộ của Viện được cắm xuống tận cơ sở, giúp các tỉnh xây dựng phòng xét nghiệm, tham gia các hoạt động cộng đồng, hỗ trợ vật tư, kỹ thuật trong công tác phòng và chống dịch.